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Le Président a lancé un avertissement aux Français sur la progression du variant Delta, aussi appelé variant indien.
Par Tanguy Vallée
Actuellement à Bruxelles, (nous sommes le 25 juin), Emmanuel Macron a lancé un avertissement aux Français sur la progression du variant Delta, aussi appelé variant indien.
Après Gabriel Attal mercredi en sortie de Conseil des ministres, Emmanuel Macron a lancé un nouvel avertissement sur la diffusion du variant Delta du Covid-19 en France.
Actuellement à Bruxelles pour un sommet européen consacré notamment à la pandémie de coronavirus et à la vaccination, le chef de l’État s’est brièvement exprimé face à la presse jeudi 24 juin, appelant à la vigilance face à ce variant qui “se diffuse beaucoup plus rapidement que les précédents”.
“Nous devons tous êtres vigilants”
“L’Europe continue d’avancer, de déployer sa stratégie de vaccination, et nous voyons les résultats qui sont là avec les réouvertures progressives. Néanmoins, nous devons tous êtres vigilants, parce que le fameux variant Delta arrive, qui se diffuse beaucoup plus rapidement que les précédents variants”, a indiqué le président au micro de BFMTV.
L’occasion pour Emmanuel Macron d’insister sur l’importance de la vaccination. “On le voit, il touche les personnes qui ne sont pas vaccinées ou qui n’ont eu qu’une seule dose. Ce qui nous impose d’être encore plus rapides dans cette campagne de vaccination et surtout très coordonnés entre Européens”, a-t-il déclaré.
“Une menace liée au variant Delta”
Mercredi, à l’issue du Conseil des ministres, Gabriel Attal avait également lancé un appel à la vigilance. “Il y a une menace liée au variant Delta”, a notamment mis en garde le porte-parole du gouvernement, insistant lui aussi sur l’importance de la vaccination : “Plus les Français iront se faire vacciner, plus on se donnera la capacité de se protéger vis-à-vis de l’épidémie et des variants”.
Ce variant Delta est notamment à l’origine d’un foyer de contamination préoccupant dans les Landes, où il représente actuellement 70% des nouveaux cas. Pour casser cette dynamique, Jean Castex a annoncé jeudi le déploiement d’un plan d’action de sept jours dans ce département où l’incidence est repassée au dessus de 50 cas pour 100.000 habitants.
Variant Delta (indien) : symptômes, nombre de cas, efficacité des vaccins
Par Antoine Fonfreyde Modifié le 25 juin 2021
Le variant Delta représente désormais 2 à 4% des cas positifs en France, contre 0,5% la semaine dernière. Alors, faut-il s’en inquiéter ?
[Mise à jour du 25/06/2021 : le variant dit “Delta Plus” inquiète les autorités en Inde.] En France, le variant Delta représente à ce jour entre 50 et 150 cas positifs quotidiennement, selon le ministre de la santé Olivier Véran. Le variant Delta est appelé variant indien car c’est en Inde qu’on l’a identifié pour la première fois. Il est responsable de la mort de dizaines de milliers de personnes dans ce pays. Une étude publiée cette semaine par Public Health England établit que le variant Delta serait 60% plus contagieux que le variant britannique. Le variant Delta représente désormais plus de 96% des cas au Royaume-Uni. L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) classe une sous-lignée de ce variant comme “préoccupante”, à l’instar de ses homologues anglais, brésilien et sud-africain. Que sait-on de ce variant à ce jour ? Doit-on s’inquiéter de sa percée ? Quels sont ses symptômes et leurs éventuelles complications ? Les vaccins produisent-ils toujours les effets que l’on attend face à lui ? Décryptage.
Le variant indien : de quoi parle-t-on ?
C’est à Nagpur, une ville du centre de l’Inde, que le variant indien (dit “Delta”) est détecté pour la première fois le 5 octobre 2020. Ce variant est un nouveau mutantdu Sars-CoV-2 (le virus responsable de la pandémie de Covid-19). Ce variant est porteur de plusieurs mutations, à l’instar des variants détectés avant lui. Ce mutant précis résulte de quinze mutations spécifiques. Parmi celles-ci, deux en particulier retiennent l’attention des chercheurs, qui les jugent problématiques.
Elles permettent en effet au virus d’échapper aux anticorps. Par conséquent, ces deux mutations pourraient potentiellement rendre le virus résistant aux vaccins ainsi qu’aux traitements disponibles. C’est la raison pour laquelle cette nouvelle souche du virus suscite l’inquiétude.
Variant indien : quel est son nom scientifique ?
Le variant Delta a comme nom scientifique : B.1.617. Le lignage B.1.617 compte 3 sous-lignées :
- B.1.617.1 (dite “Kappa)
- B.1.617.2 (dite “Delta”)
- B.1.617.3
Elles se caractérisent par les mutations L452R et E484Q, qui suscitent le plus d’inquiétudes.
Variant Indien : quels sont ses symptômes ?
Comme on l’a vu plus haut, le variant Delta est plus contagieux que les autres souches du virus Sars-CoV-2. Les symptômes qu’il peut provoquer chez les personnes qu’il infecte sont en revanche similaires aux symptômes du Covid-19 classique. Avec toutefois une différence notable : le variant Delta ne provoque pas de perte de goût ni d’odorat.
Le variant Delta, lorsqu’il déclenche des symptômes, se rapproche davantage d’un “mauvais rhume”que d’une infection au Covid-19 classique. C’est ce qu’affirme Tim Spector, professeur d’épidémiologie génétique au King’s College de Londres.
Tim Spector est parvenu à ces conclusions en analysant les données recueilliesdans le cadre de l’étude participative Zoe. Il s’agit d’une application qui permet aux personnes infectées par le virus de renseigner leurs symptômes.
Tim Spector, professeur d’épidémiologie génétique au King’s College de Londres, communique les résultats de l’étude participative ZOE
On apprend ainsi que le symptôme numéro 1 du variant Delta est le mal de tête, avant le mal de gorge, l’écoulement nasal et la fièvre. Avant l’apparition de cette souche, les symptômes les plus répandus du Covid-19 étaient la fièvre, la perte de goût et de l’odorat et la toux.
Certains symptômes, plus rares, peuvent aussi apparaître, comme l’affirme le directeur de l’Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi dans un entretien accordé à nos confrères du Figaro :
“On voit des malades atteints de diarrhée, comme ce fut le cas à New-York l’an dernier. Et le climat étant chaud et sec cette saison, certains saignent du nez ou de la gorge parce qu’il toussent et éternuent davantage.” – Anurag Agarwal
Top 10 des symptômes les plus fréquents dans le variant Delta (par ordre de fréquence d’apparition) :
- Mal de tête
- Mal de gorge
- Écoulement nasal
- Fièvre
- Toux
- Fatigue
- Frissons
- Perte d’appétit
- Douleurs musculaires
- Modification/perte de goût
Variant Delta : quelles mutations inquiètent le plus les chercheurs ?
Rappelez-vous, le variant indien inclut trois sous-lignées : B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3. L’OMS estimait au mois de mai que la totalité du variant devait être classée comme “préoccupante”.
Le mardi 1er juin, l’organisme a revu son estimation, affirmant que seule une sous-lignée de ce variant est considérée comme “préoccupante”. Les deux autres ont été rétrogradées.
“Il est devenu évident que davantage de risques pour le public sont associés au B.1.617.2, tandis que des taux de transmission moindres ont été observés avec les autres sous-lignées.” – OMS, rapport hebdomadaire
Du fait de sa “transmissibilité accrue”, le B.1.617.2 du variant Delta peut se répandre plus facilement entre les gens, explique l’OMS. La sous-lignée B.1.617.1 est, elle, rétrogradée à la catégorie de “variant d’intérêt” et baptisée Kappa. Les variants d’intérêts ont des marqueurs génétiques susceptibles de modifier la transmission, le diagnostic ou le traitement du virus. La sous-lignée B.1.617.3 n’est quant à elle plus considérée comme digne d’intérêt pour l’organisme. Aucune lettre grecque ne lui a été attribuée en raison de sa relative faible occurrence.
Parmi les mutations caractéristiques du lignage B.1.617, on retrouve les deux mutations évoquées précédemment : L452R et E484Q (uniquement présente dans les sous-lignées B.1.617.1 et B.1.617.3). Le variant indien contient aussi la mutation P681R. Voici ce qu’on sait à ce jour sur ces mutations, d’après une étude américaine:
- La mutation E484Q: Si on a encore beaucoup à apprendre sur cette mutation, contrairement à la mutation E484K, on sait qu’elle remplace l’acide aminé E (acide glutamique) par l’acide aminé Q (glutamine). Du fait de la mutation E484Q, certains individus peuvent voir le pouvoir neutralisant de leurs anticorps divisés par 10. Cette mutation pourrait donc avoir un impact significatif en termes d’échappement immunitaire post-infection et post-vaccinal.
Le danger que représente cette mutation est toutefois à relativiser, dans la mesure où elle n’est pas présente dans la sous-lignée B.1.617.2, jugée préoccupante par l’OMS.
- La mutation L452R : Cette mutation entraîne la substitution de l’acide aminé leucine (L) par l’arginine (R) . On la trouve aussi dans d’autres variants, notamment le variant B.1.429, détecté en Californie. La mutation L452R pourrait aussi être associée à un risque d’augmentation de la transmissibilité du virus ainsi qu’à un potentiel échappement immunitaire, d’après une étude menée par les scientifiques de l’Institut national de virologie de Pune.
- La mutation 681R : Cette mutation est également présente dans le variant anglais ainsi que dans un autre variant détecté aux Philippines. Elle est susceptible de modifier le comportement du virus (ce qu’on appelle un “changement phénotypique”) et d’augmenter son infectiosité, toujours selon la même étude.
Variant Delta : dans quels pays le trouve-t-on ?
D’après les dernières données fournies par l’OMS, le variant Delta est à ce jour présent dans plus de 70 pays. La majorité des cas de variant Delta sont actuellement identifiés en Inde, au Royaume-Uni, aux États-Unis, en Allemagne et à Singapour, selon les données de GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data).
En Europe, parmi les cas détectés liés au variant B.1.617, la majorité concerne la sous-lignée préoccupante B.1.617.2 (Delta). Etat des lieux des cas de variant indien dans le monde :
- France : Les données proviennent du dernier bulletin hebdomadaire de Santé Publique France (datant du 10 juin). Durant la semaine 22, les données de séquençage des quatre plateformes du consortium Emergen montrent un total de 31 cas confirmés au lignage B.1.617. Parmi ceux-là, on dénombre 17 cas confirmés de variant B.1.617.2 (Delta) et 14 cas de variant B.1.617.1 (Kappa). Les 17 cas confirmés au variant Delta ont été détectés dans cinq régions : Île-de-France (8 cas), Auvergne-Rhône-Alpes (4 cas), Provence-Alpes-Côte-D’azur (2 cas), Grand Est (2 cas) et Hauts-de-France (1 cas). Quant aux cas séquencés confirmés au variant Kappa, 12 se situent en région PACA provenant d’un cluster en EHPAD et 2 se trouvent en Auvergne-Rhône-Alpes.
- Royaume-Uni : Le variant B.1.617 se répand de plus en plus chez nos voisins outre-Manche. Depuis le mois d’avril, il a même dépassé le variant anglais 20I/501Y.V1 en termes de fréquence. Depuis le début du mois de juin, le variant Delta représente plus de 96% des nouveaux cas identifiés. Ces dernières semaines, le nombre de contaminations quotidiennes est passé de 2000 à plus de 7000, poussant le Premier ministre Boris Johnson à repousser le dé confinement du pays de quatre semaines.
- États-Unis : Le variant indien y représente plus de 6% des échantillons de virus séquencés d’après les données des Centers for Disease Control and Prévention (CDC).
Pour limiter la propagation des variants, l’Allemagne a durci ses contrôles sanitaires avec le Royaume-Uni, classant ce dernier comme “zone de mutation des variants” le dimanche 23 mai. Cette décision a été prise par le gouvernement allemand en se basant sur la recommandation de l’institut de veille sanitaire Robert Koch. Berlin limite ainsi drastiquement les échanges avec le Royaume-Uni. Tous les voyageurs revenant de ce pays sont désormais soumis à une quarantaine de deux semaines, qu’il n’est pas possible de raccourcir même avec un test négatif.
La France a pris la même direction que l’Allemagne, annonçant le 26 mai l’instauration d’un isolement obligatoire des voyageurs français revenant du Royaume-Uni. La quarantaine obligatoire pour les voyageurs en provenance de quatre pays (Brésil, l’Argentine, le Chili et l’Afrique du Sud) avait déjà été étendue à 17 pays le 17 avril.
Depuis cette date en effet, Paris a durci les conditions d’entrée sur le territoire français pour les voyageurs français en provenance de ces pays. Ces derniers doivent présenter un test PCR négatif de moins de 36 heures ou un résultat de test PCR négatif de moins de 72 heures en plus d’un test antigénique négatif de moins de 24 heures. Ils doivent en outre réaliser un test antigénique à leur arrivée en France, avant de quitter l’aéroport. Chaque voyageur qui arrive de ces pays doit par ailleurs respecter une quarantaine obligatoire (et contrôlée) pour 10 jours. Un test PCR négatif obtenu le 9ème jour leur permettant ensuite de sortir de la quarantaine.
Variant Delta : comment le dépister ?
Dans son analyse de risques du 21 avril 2021, Santé Publique France classe le variant B.1.617 comme “variant à suivre”, ou VOI (“variant of interest” en anglais). Cette classification implique la mise en place d’un suivi national et international renforcé. Des analyses virologiques spécifiques à ces variants à suivre permettent aussi d’évaluer leurs caractéristiques virologiques, cliniques et épidémiologiques.
Pour suivre l’évolution du variant Delta, plusieurs consignes ont été communiquées aux laboratoires et aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 par le ministère de la santé. Il leur est ainsi demandé de :
- Questionner systématiquement toute personne se présentant à eux sur un potentiel séjour en Inde ayant eu lieu dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement. La même question leur est posée concernant leurs cas contacts.
- Orienter toute personne répondant positivement vers la réalisation d’un test PCR.
- Réaliser de manière prioritaire et accélérée le séquençage de tout prélèvement positif au SARS-CoV-2 pour toute personne ayant séjourné en Inde dans les 14 jours précédant l’apparition des symptômes ou la date de prélèvement (idem pour les cas contacts d’individus revenant d’Inde). Les prélèvements à séquencer sont ensuite adressés à un laboratoire du réseau ANRS-MIE. Les séquençages font enfin l’objet d’une remontée de la séquence et des métadonnées dans la base de données nationale EMERGEN.
Variant Delta : les vaccins demeurent-ils efficaces ?
C’est forcément la question que tout le monde se pose à chaque fois que l’on détecte un nouveau variant du Covid-19. Eh bien, bonne nouvelle, les vaccins Pfizer, Moderna et AstraZeneca continuent à produire d’excellents résultats après la deuxième dose en cas d’infection au variant Delta.
Une étude réalisée par les autorités britanniques et parue début juin dans la prestigieuse revue médicale The Lancet affirme que la protection conférée par la vaccination décroît face au variant indien. D’après cette étude, le niveau d’anticorps neutralisants chez des individus vaccinées avec deux doses du vaccin Pfizer/BioNTech est environ six fois plus faible en présence du variant indien qu’en présence de la souche initiale du virus. C’est sur cette dernière que se sont basés les laboratoires pour concevoir les vaccins.
Cette étude corrobore celle menée par l’institut Pasteur, qui arrive également à la conclusion que le variant Delta diminue la protection conférée par les vaccins. L’institut Pasteur estime que les anticorps neutralisants produits par la vaccination avec Pfizer/BioNTech ont une efficacité 3 à 6 fois moindre contre le variant Delta par rapport au variant Alpha.
Les résultats obtenus en population réelle tendent cependant à relativiser ces chiffres. Les anticorps neutralisants voient effectivement leur efficacité diminuée, mais elle ne l’est certainement pas assez pour affaiblir sensiblement l’effet induit par la vaccination. Une étude menée par la Public Health England aboutit ainsi aux conclusions suivantes :
- Le vaccin Pfizer-BioNTech est efficace à 96% deux semaines après la deuxième dose.
- Le vaccin Oxford-AstraZeneca est efficace à 92% deux semaines après la deuxième dose.
Les résultats obtenus sont comparables à ceux obtenus pour la vaccination contre le variant anglais B.1.1.7.
Cette étude a été menée entre le 12 avril et le 4 juin sur 14 019 personnes infectées au variant Delta. Parmi celles-ci, 166 ont été hospitalisées. Elle n’a pas pu tester l’efficacité de Moderna, ce vaccin n’étant administré que depuis le mois d’avril au Royaume-Uni.
Quant à Novavax, qui devrait arriver prochainement sur le marché, les résultats des études cliniques menées par le laboratoire indiquent une efficacité globale de 90,4% et de 100% contre les formes modérées ou graves de la maladie.
L’entreprise Novavax revendique une efficacité de 100% contre les variants non préoccupants et de 93,2% sur les autres variants surveillés par la communauté scientifique : Alpha (britannique), Beta (sud-africain), Gama (brésilien) et Delta (indien).
À lire aussi :
> Pour connaître l’efficacité du vaccin américain Novavax
Des recherches préliminaires ont également montré que les vaccins Pfizer et Moderna devraient conserver leur efficacité. Conduites en laboratoire par la NYU Grossman School of Medicine et le NYU Langone Center, ces recherches doivent être validées par des pairs avant de paraître dans une revue scientifique. Nathaniel Landau, le directeur principal de l’étude s’est exprimé à l’AFP :
“Nous avons conclu que les anticorps produits par les vaccins sont un peu affaiblis contre ces variants, mais pas assez pour nous laisser penser que cela aura un grand effet sur la protection conférée par les vaccins” – Nathaniel Landau
Variant Delta : est-il dangereux ?
On l’a vu, les mutations présentes dans ce variant peuvent accroître sa transmissibilité. Si ce variant est plus contagieux que la souche originale, est-il pour autant plus dangereux ?
Une étude préliminaire menée par le Public Health England (PHE) et citée par The Guardian suggère que le variant indien pourrait causer un risque d’hospitalisation dans les 14 jours suivant la date de prélèvement 2,6 fois plus élevé que le variant anglais. Cette étude a analysé 38 805 séquences du coronavirus en Grande-Bretagne. Par ailleurs, le risque d’admission aux urgences dans les 14 jours était 1,67 plus élevé.
Cette étude est corroborée par une autre, menée par le Public Health of Scotland en Ecosse et publiée dans la revue médicale The Lancet ce lundi. S’appuyant sur les données du 1er avril au 28 mai, celle-ci établit que les personnes infectées par le variant Delta sont deux fois plus susceptibles de se retrouver à l’hôpital qu’avec le variant Alpha (dit anglais).
Cependant, en Angleterre, où le variant Delta est désormais dominant et suivi de près, les autorités n’ont pas relevé d’augmentation significative du nombre de cas graves. Cela peut aussi s’expliquer en partie par le fait que le taux de vaccination est particulièrement élevé chez nos voisins britanniques. Par ailleurs, les personnes infectées par ce variant semblent en règle générale plus jeunes et en meilleure santé. Elles ont par conséquent moins de risques de développer une forme sévère.
Paradoxalement, le principal risque que fait courir ce variant est amplifié par l’absence relative de symptômes graves qu’il déclenche. Pour le professeur d’épidémiologie génétique au King’s College de Londres et auteur de l’étude ZOE :
“Les gens peuvent penser qu’ils ont juste un rhume saisonnier, donc ils se rendent à des fêtes… On pense que cela alimente une grande partie du problème.” – Tim Spector
Alors, se dirige-t-on vers une quatrième vague ? Il y a un risque, oui. C’est en tout cas ce qu’estime Jean-François Delfraissy, le président du Conseil scientifique. Invité au “20 heures” de France 2 le 8 juin 2021, ce-dernier a affirmé que le variant Delta s’imposera sans nul doute en France dans les semaines à venir :
“Il va, probablement au cours de l’été, apparaître de façon plus importante, puis remplacer le variant anglais, dit Alpha, comme ce qu’il s’est passé en Angleterre […]. Mais en face de lui, il va avoir une sorte de bloc qui va être les personnes vaccinées.” – Jean-François Delfraissy
Par cette annonce, Jean-François Delfraissy s’est montré rassurant : le vaccin peut être la solution qui permettra d’éviter la quatrième vague. À condition toutefois d’avoir atteint une couverture vaccinale suffisante d’ici à la fin de l’été.
Mais quel pourcentage de la population doit être vacciné pour éviter une recrudescence de l’épidémie ? On appelle cela l’immunité collective : lorsque suffisamment de personnes ont été infectées ou vaccinées pour ne plus transmettre le virus, et donc arrêter l’épidémie. Les personnes infectées et vaccinées sont en effet censées avoir développé des anticorps capables de lutter contre le virus.
L’OMS annonce que “le pourcentage de personnes qui doivent posséder des anticorps pour parvenir à l’immunité collective contre une maladie donnée dépend de chaque maladie.”
Si, dans le cas du Covid-19, les experts estimaient initialement ce pourcentage à 50 ou 60% de la population, ils le situent aujourd’hui autour de 70 à 80% minimum. L’apparition des variants augmente en effet le taux de personnes qu’il faudrait vacciner pour éteindre l’épidémie et espérer un retour à la vie normale. Pour le professeur Bruno Megarbane, chef du service de réanimation à l’hôpital Lariboisière à Paris, “il existe un risque de rebond qui n’est pas nul, si nous n’atteignons pas l’immunité collective de 80 à 85%”.
Variant Delta : se transmet-il plus facilement chez les enfants ?
C’est une question qui agite naturellement les pouvoirs publics, les autorités sanitaires et la population dans son ensemble. Dans son point hebdomadaire du 6 mai 2021, Santé Publique France avertit que “les données manquent encore sur l’impact en santé publique des sous-lignages B.1.617, qui pourraient être associés à une transmissibilité accrue de ce variant.”
Les mutations présentes sur ce variant pourraient favoriser sa capacité de transmission, notamment chez les plus jeunes. C’est ce qu’affirme l’étude écossaise parue dans The Lancet. En effet, d’après cette étude, 70% des personnes testées positives au variant indien n’étaient pas vaccinées. Or rappelons que les vaccins ont démontré leur efficacité face à ce variant et que les personnes à risque (et donc âgées) ont été massivement vaccinées. La vaccination s’est ouverte aux plus jeunes dans un second temps. Ces derniers sont donc plus susceptibles d’être infectés au variant.
En Inde, le chef du gouvernement local de New Delhi, Arvind Kejriwal, affirme que 65% des nouveaux malades ont moins de 45 ans. Une grande différence avec la souche originale du Covid-19. Khusrav Bakan, consultant à l’hôpital P.D. Hinduja National de Bombay le confirme : “l’année dernière il n’y avait pratiquement pas d’enfants hospitalisés.”
Et en Europe ? Le variant indien s’en prend-il davantage aux enfants et aux adolescents ? Le professeur Patrick Berche, microbiologiste et membre de l’Académie de médecine analyse la situation en ces termes :
“Il y a pas mal de cas chez des sujets jeunes et même chez des enfants. Cela est assez inquiétant. Mais ça demande vérification. Pour le moment, ce n’est pas étayé par des publications. On a des indications qui pourraient suggérer que le virus devient plus virulent, mais ce n’est pas confirmé.” – Patrick Berche
Rappelons qu’en France, la vaccination est ouverte aux adolescents de 12 ans et plus depuis le mardi 15 juin. Ces derniers peuvent être vaccinés en centre avec l’autorisation des deux parents et leur propre consentement.
Sources :
Étude PHE contagiosité variant Delta
Les données recueillies par ZOE
Les données recueillies par le GISAID
Étude écossaise parue dans The Lancet
Novavax : résultat des études cliniques
