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Ce virus qui fait peur à tout le monde !

De la « soupe » au pangolin aux cellules pulmonaires des malades ? Voici la réponse scientifique.

De quoi parle-t-on exactement ? De la « soupe » au pangolin aux cellules pulmonaires des malades, comment ça marche un virus ? Voici la réponse scientifique.

Ainsi donc ce n’est pas le ciel qui nous est tombé sur la tête mais… un virus ! En l’occurrence un virus de la famille corona, depuis baptisé SARS-CoV-2 pour Coronavirus du Syndrome Respiratoire Aigu Sévère 2. Un virus, qu’est-ce à dire ?

Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, en général une cellule d’un organisme supérieur, dont il utilise le métabolisme et les constituants pour se répliquer. Selon les espèces, il est constitué d’un brin d’ADN ou d’ARN, molécules polymériques faites de l’assemblage de nombreuses « briques » moléculaires, les nucléotides. C’est la succession des 4 nucléotides fondamentaux (adénine, guanine, cytosine, thymine pour l’Acide DésoxyriboNucléique ou ADN ; adénine, guanine, cytosine, uracile pour l’Acide RiboNucléique ou ARN) qui constitue le code génétique de l’organisme. Chaque assemblage de 3 nucléotides est transcrit en un acide aminé qui lui correspond. Ces acides aminés sont à leur tour les briques constitutives des protéines, le support structurel de l’organisme. L’ARN ou l’ADN du virus code donc pour la synthèse des protéines qui le constituent in fine.

Jeune pangolin de Thaïlande.

Ces protéines vont constituer le « corps » du virus, doté d’une coque nommée « caspside » et souvent d’une enveloppe, ou peplos, de nature lipidique.

Contrairement aux cellules eucaryotes et procaryotes (sans ou avec noyaux), comme les cellules des animaux, plantes, algues, champignons et bactéries, le virus ne dispose pas de la machinerie qui lui permettrait de se répliquer, c’est-à-dire de dupliquer son génome (ADN ou ARN) et de le traduire pour produire de nouvelles protéines qui constitueront de nouveaux virus. Il est notamment dépourvu de ribosomes, ces petites usines qui se collent sur le génome pour en transcrire des grands fragments (les « gènes ») en protéines constitutives.

C’est pourquoi le virus est donc nécessairement… un parasite. Il va utiliser les organites des cellules hôtes pour sa propre multiplication. Sa première caractéristique est donc une capacité invasive, qui gouverne son destin de prédateur. Puis, une fois que son matériel génétique s’est abondamment dupliqué et s’est entouré de son enveloppe, il fait éclater la cellule envahie et peut s’attaquer aux voisines.

Notons que chaque virus est très spécifique d’une cellule à envahir : spécificité d’espèce (un virus donné ne s’attaque qu’à certaines espèces données, parfois une seule), et spécificité d’organe (un virus donné ne s’attaque qu’à certains organes, parfois un seul). La spécificité d’espèce peut être absolue ou relative. Quand le virus touche des animaux, on parle de « zoonose ». Le passage d’une espèce à l’autre se fait au hasard des mutations, qui affectent le virus de manière aléatoire, et des recombinaisons par échange de matériel génétique entre souches voisines. Ces événements sont d’autant plus fréquents que le virus se multiplie en grande quantité. L’augmentation ou la diminution de la virulence (l’agressivité du virus vis-à-vis de son hôte) est aussi le fait de ces mutations et ces recombinaisons.

Tout comme le virus de la grippe, le SARS-CoV-2 est un virus à ARN.

Tout virus parasite donc nécessairement une cellule hôte… Avec plus ou moins de conséquences pour celle-ci ! Souvent en fait, la cohabitation se passe assez bien. Le virus utilise la machinerie de son hôte pour se multiplier, sans la mettre trop en péril. Il peut même contribuer de la sorte à son évolution. Mais parfois la coexistence est plus dramatique. Le métabolisme de la cellule peut être gravement perturbé, allant jusqu’à la mort cellulaire. Le virus de la rage, par exemple, attaque spécifiquement les cellules du système nerveux central et les détruit inéluctablement, provoquant une encéphalite nécrosante toujours mortelle au stade d’état avancé. Mais la cellule attaquée se défend aussi. Le corps réagit notamment par une réaction immunitaire, avec la prolifération de cellules chargées de neutraliser l’agresseur (comme les lymphocytes). Ces cellules s’arment aussi en prévision des futurs contacts. Ce sera le rôle des anticorps, qui auront vocation à repousser de façon spécifique les futures agressions.

Comment se prémunir des maladies liées aux virus ? Tout d’abord, en évitant d’entrer en contact ! C’est ici le rôle de l’hygiène générale, hygiène des mains, nettoyage des surfaces (les agents tensioactifs, par exemple, détruisent le virus en désorganisant son peplos lipidique), éviction des contacts avec les porteurs… On peut aussi se prémunir contre la maladie par l’immunité, soit naturelle (acquise après une précédente invasion virale qui a guéri), soit artificielle, ce qu’on appelle la vaccination. Pour faire vite, disons que la vaccination mime l’invasion par le virus pour faire produire des anticorps, sans exposer aux effets pathologiques gênants. Elle joue en fait sur une immunité croisée entre le virus natif, pathogène, et un virus « leurre », soit original inactivé, soit voisin non pathogène, soit même une des molécules de son enveloppe. Quant aux médicaments antiviraux, ils sont d’une efficacité inconstante. Les antibiotiques, si efficaces pour tuer les bactéries, ne donnent rien contre ces organismes « infra-vivants » que sont les virus. Le virus n’étant pas à proprement parler « vivant », on ne peut pas le tuer comme on tue une cellule (qu’elle soit bactérienne, parasitaire ou mycotique) en paralysant son métabolisme, puisque lui n’en a pas ! Cependant certains produits peuvent bloquer la réplication virale et améliorer la maladie (par exemple les trithérapies contre le SIDA). Ainsi le traitement de la maladie virale est-il avant tout « symptomatique » (on traite les symptômes) ou préventif (éviction, vaccination). Nous en reparlerons.

Présentons maintenant rapidement notre ami, SARS-CoV-2. Tout comme le virus de la grippe, le SARS-CoV-2 est un virus à ARN. C’est même le virus dont l’ARN est le plus long (30 kilobases). Son diamètre externe est de 125 nanomètres. Son ancêtre est probablement un virus de chauve-souris, qui pourrait avoir muté chez le pangolin.

Ce petit mammifère à écaille, connu aussi sous le nom de fourmilier écailleux, peuple les forêts et les savanes des régions tropicales et équatoriales d’Afrique et d’Asie du Sud-Est. Bien que protégé, ce mignon animal fait l’objet d’un intense braconnage à destination du marché asiatique, où il alimente la pharmacopée traditionnelle chinoise. Ses écailles notamment sont présentées comme une véritable panacée… pour son malheur (il est au bord de l’extinction), et le nôtre, dans le cas présent.

Ayant sauté de la chauve-souris au pangolin, l’ancêtre du SARS-CoV-2 a sans doute muté pour devenir infectant pour l’homme, avec lequel il était en contact dans un de ces marchés à animaux sauvages, plus ou moins légaux, que l’on trouve un peu partout en Chine. L’intensité des échanges entre hommes et animaux a favorisé cette évolution, qui résulte peut-être de la recombinaison entre deux virus différents.

Ainsi vous avez fait connaissance avec l’invité, plutôt indésirable, qui s’est imposé chez nous depuis plusieurs semaines. Dans notre prochain billet, nous vous présenterons la maladie dont il est responsable, maladie qui répond au doux nom de Covid-19 (pour coronavirus disease 2019).

À tous, je souhaite bonne santé et bon courage… Dans une période comme celle que nous vivons, les formules de salutation se réduisent à l’essentiel, n’est-ce pas ?

parAnne-Laure Boch – 24 mars 2020